修改后的路线：
D1：入住酒店， 前门大街
D2：颐和园，圆明园，清华，北大，水立方，鸟巢
D3：（看升旗）天安门广场，天安门城楼，首都博物馆，人民大会堂，故宫，景山，北海公园，长安街
D4：长城，十三陵，王府井 
D5：天坛，恭王府，什刹海，烟袋斜街胡同游
D6：回程

行程安排的非常合理
在机场乘机场2线至东四十条桥 然后换乘地铁2号线至长椿街.出站后步行就到目的地了.
也可乘机场3线至北京站 然后换乘地铁2号线.

行程有点问题.
D1：入住酒店，晚上逛长安街
D2：天安门广场—天安门城楼—故宫—景山公园—北海公园—王府井
D3：长城-十三陵-水立方-鸟巢
D4：颐和园，圆明园,清华，北大，-前门大街
D5：香山-恭王府-什刹海夜景
D6：早上9：30的飞机
这样走起来更顺一些.

1:像王府井这样的商业步行街在全国已经不稀罕了,虽说酒店到王府井可以乘地铁1号线到达,但是第二天从北海到长安街就不方便了.
  景山公园西门出来,正对北海东门,北海公园很大,从东门进去,不可能再从东门出来,(北海的大部分景观都在北边,一小部分在南边),北海东门在西板桥可以乘5路到广场,但是进北海东门一般就要从北门出,北门要坐车回长安街,要么打车,要么走一站地到地安门内乘坐5路.
  但是第二天北海北门出来有直接到王府井步行街的公交车,很方便.

2:长城十三陵可以在前门参加北京旅游集散中心,返回前门,正好看前门大栅栏夜景.
如果自由行,从郊区返回德胜门,可以在积水潭乘坐2号线地铁到前门,很方便.
如果从十三陵去鸟巢不是不可以,只是倒车很麻烦.
而从颐和园或圆明园有直接到鸟巢的车,不用倒.

3:什刹海一般欣赏夜景.
  一般安排行程都是由远及近,恭王府在二环内,香山在西北五环,早上去空气好,下午去空气就很污浊了,十月底北京还不算太冷呢,早去早回,不耽误下午的行程,什刹海比较随意,想多逛就多逛会,不想逛了就回酒店休息.
 

楼主的行程安排是正确的 非常人性化
1.第1天晚上应该伴随兴奋的心情去王府井 品尝全聚德烤鸭.特地跑长安街欣赏路灯没必要
2.北海公园离王府井有段距离 回西单在王府井还另外捣车很不方便
北海公园—长安街 回酒店顺溜一条道 方便节省体力
4.早晨去呼吸一流学府的新鲜空气 多好呀
5.香山公园远离市中心 温差明显 大清早去很冻不适合