第一天下午可以去天坛
鸟巢和水立方安排在第二天也没问题的
长城去八达岭吧

1、建议修改为
D1：下午鸟巢水立方，等看过夜景返回
D2：升旗、八达岭、恭王府/什刹海
D3：故宫、天安门、国家大剧院
2、南河沿坐60路鼓楼换5路到德胜门换919大站快车或直达快车到八达岭，回来德胜门换5路鼓楼下车去什刹海/恭王府
3、升旗时间http://www.tiananmen.org.cn/flag/index.asp，一般提前一个小时从广场两侧排队进入广场，提前两三个小时就有人排队。
4、小孩1.2米以下免门票，故宫60、八达岭45、天安门15、恭王府30、国家大剧院30（网上预订25），鸟巢50、水立方30，周边的奥林匹克公园免费。